Karrantza muestra una gran biodiversidad vegetal, conservando un importante patrimonio forestal de bosque autóctono que se distribuye a lo largo y ancho de su geografía. Bosques de encina, haya y roble, enclavados en parajes de singular belleza, a los que suman pequeños ecosistemas de ribera poblados de abedules, acebos, alisas, castaños, chopos, frenos, etc. Los pastizales, brezales y argomales, formaciones herbáceas y arbustivas asociadas al carácter pastoril de la zona, dominan el paisaje vegetal de las cumbres que circundan el Valle.

Los encinares se asientan principalmente en la zona norte del Valle, destacando el roquedal de Sopeña.
Los hayedos cubren principalmente las laderas de los Montes de Ordunte y Sierra Mesada, destacando por su extensión y belleza los de Rebedules y la Boheriza (La Calera), Saltipiñia y Balgerri (Lanzas Aguadas) y Linares (Pando). Entre los robledales sobresale el bosque de La Moradilla (La Cerca).

En el Valle la diversidad florística es abundante, sobresaliendo por su alto interés botánico la zona sur-occidental de los Montes de Ordunte, lugar de ubicación de la turbera cobertor del Zalama y los trampales higroturbosos de Salduero.

A lo largo de todo el Valle los bosques y prados ofrecen una importante riqueza micológica, donde se puede recolectar una amplia variedad de hongos y setas.